Sin embargo, el movimiento presentó ciertos elementos de continuidad. Muchas ramas mantuvieron estructuras jerárquicas y persistió la división entre clérigos y legos. Además, doctrinas fundamentales como la Trinidad o la inmortalidad del alma permanecieron inalteradas, y las nuevas iglesias siguieron ligadas a los sistemas políticos y a las clases gobernantes de su tiempo.

Las consecuencias de la Reforma fueron importantes. En el ámbito político y social, provocó la fragmentación de la cristiandad y derivó en sangrientos conflictos, como la Guerra de los Treinta Años, a la par que forzó la respuesta católica conocida como la Contrarreforma tras el Concilio de Trento.

En el plano cultural, el fomento de la alfabetización para la lectura bíblica impulsó la creación de centros educativos. En las artes, se produjo un cambio hacia la austeridad y el minimalismo arquitectónico, mientras que en la pintura surgió un interés por el realismo y los paisajes, con artistas como Durero y Cranach. Musicalmente, se introdujo el canto congregacional y los himnos accesibles, y lingüísticamente, la traducción de Lutero consolidó el alemán como lengua literaria.

Finalmente, el legado de la Reforma se proyectó hacia la Ilustración del siglo XVIII. Los valores de la razón, la libertad de pensamiento y la separación entre Iglesia y Estado tienen sus raíces en este cuestionamiento de las estructuras tradicionales. Este proceso de secularización culminó en hitos como la Revolución Francesa, que marcó un rechazo radical a la implicación política de la Iglesia y el avance hacia la autonomía intelectual de las sociedades europeas modernas. Sin embargo, aquello que había sido un intento de reformar la cristiandad se transformaría en una amalgama de movimientos religiosos que mantendría estructuras de poder con el estado y conservaría mucho del fundamento doctrinal y conductual que habían intentado erradicar.