Sin embargo, a medida que el mensaje se expandió, comenzó a absorber la influencia dominante de la filosofía griega. Esta influencia fue una transformación doctrinal profunda. La filosofía griega ofreció a los teólogos cristianos un marco intelectual para explicar su fe a todos los lugares del imperio romano.

Entre ellos personajes destacados como Agustín y Tomás de Aquino. Esto alejó la fe de su raíz bíblica, promoviendo conceptos abstractos como la «sustancia» o la «esencia divina» en lugar de la sencillez del mensaje original. De esta manera, el cristianismo nominal se convirtió en un «sistema filosófico”. El precio de esta adaptación fue la dilución de la pureza apostólica.

Con el tiempo la cristiandad ejerció un poder absoluto sobre la vida intelectual de Europa, restringiendo el pensamiento científico y filosófico. Se utilizaron la censura y la represión intelectual para asegurar el dominio sobre el pensamiento. Se ejerció un control estricto sobre el conocimiento y la interpretación de la fe, lo que la llevó a la persecución sistemática.

Una de las razones más influyentes por las que la Edad Media fue vista como una «edad oscura» tiene que ver con la gran influencia de la cristiandad en todos los aspectos de la vida. A medida que esta se consolidó como una fuerza política, social y cultural dominante, muchos aspectos del conocimiento secular y el pensamiento crítico fueron vistos con sospecha o incluso prohibidos. Durante muchos siglos, el acceso al conocimiento estuvo restringido principalmente a los monasterios y las instituciones eclesiásticas.

Con la caída del Imperio Romano en el siglo V, gran parte de la infraestructura educativa y cultural que existía en el mundo romano desapareció. La educación en el imperio se basaba en el pensamiento griego y latino, y aunque no todos los ciudadanos eran educados, había una infraestructura básica de enseñanza. En el período inmediatamente posterior a la caída de Roma, se produjo una fragmentación política y social en Europa que afectó a la enseñanza.

En el contexto del colapso del sistema romano, muchas de las escuelas públicas y centros de conocimiento fueron abandonados o destruidos, y la educación se volvió menos accesible para la mayoría de las personas. Los monjes y el clero fueron prácticamente los únicos que tenían acceso a la educación formal. El pueblo en general, especialmente las clases bajas, carecía de una educación básica. Esto contribuyó a la falta de instrucción generalizada entre la población, y el conocimiento de las Escrituras se volvió exclusivo para aquellos que tenían acceso a las iglesias y monasterios.